43年間，他成功地使自己成為一個身心合一的自由人，啃了大半輩子書本，來去俱從容。直到現在，他都沒有找一份固定工作，也不受雇或隸屬于任何實體機構。一個不受束縛的人，通常可以進退裕如、縱橫捭闔，這也許是他10年不衰的原因之一。

“我在中國沒有工作過，沒有在社會上真正混過，沒有社會經驗和閱歷，另外有一個西方社會文化作為參照，基本上類似于一個旁觀者。”方舟子說，“有時候作為一個旁觀者，對問題的認識反而會更清楚一點。”

那些因為教職員工身負學術丑行而被新語絲曝光的大學，曾經要聘請方舟子去擔任兼職教授，方舟子不干，當場宣布辭掉落在自己腦袋上這一頂用意明顯的“帽子”。因為這犯了他的忌諱，只要不授人以柄，就不存在被控制的危險，為此他寧愿置身于社會之外。一旦與這些機構發生瓜葛，他擔心自己的獨立性會遭玷污。

這也與他大半生不受羈絆的處世觀念存在抵牾。人的秉性，天然地向往自由不拘。方舟子想要自由自在地活著，除了思想自由，還要生活自由。1985年考入中國科技大學，方舟子就一直在踐行這一理念。那時候，早間的課一般不去上，可以睡到中午12點才起床。這個作息時間，到現在都沒有變過。

1980年代末，出國風氣席卷大學校園，中國科大此風尤盛。方舟子所在的班上，總共46個同學，陸陸續續出國的竟有40個之多。風華正茂的方舟子，也看過一些留學資料，知道在美國的大學里有一種終身教授，自由無比，當上了連校長都管不了，覺得這實在是一件無比愜意的事情。心有所動，當即就做了人生規劃——要去美國的大學當一個教授，搞科研之余，還可以寫寫詩。

留學生活自不必說有多舒爽。不過近距離觀察，他發現美國大學里的教授實際上并不自由，就算是終身教授，為了找科研資金也必須出面寫報告拉關系。這樣的生活，他不愿意接受，仔細想一想，覺得還是當個作家比較自由。