2004年8月，縣城個別基督教徒受他人指使，擾亂基督教堂正常宗教活動，蠱惑不明真相的群眾上訪，企圖排擠教堂長老，占領講經壇。馬學智及時組織有關部門進行調查研究，依法對鬧事人員進行了治安處罰，旗幟鮮明地保護了愛國宗教人士，使問題解決在了萌芽狀態。 2008年3月14日，西藏拉薩發生打砸搶燒暴力事件后，他立即深入三臺喇嘛廟，向宗教人士通報拉薩等地打砸搶燒事件的真相，并召開堅決反對達賴集團破壞祖國統一罪行座談會，進行形勢和愛國主義教育，他組織宗教人士和信教群眾認真學習《國務院宗教事務條例》，按照“保護合法，制止非法，抵御滲透，打擊犯罪”的方針，了解情況，化解矛盾，掌握了工作主動權，沒有引起教民思想波動。

廣交、深交朋友，是馬學智做好統戰工作的“法寶”。一年中，他有三分之二的時間在走訪宗教界人士、黨外知識分子、臺胞臺屬及歸僑僑眷等統一戰線各界人士，了解他們的心聲、關心他們的生活、幫助解決他們的困難，和他們建立了深厚的感情。

1999年初，老臺鄉南門村臺屬崔光平家的22只羊、1頭牛突然中毒死亡，使本來生活就很困難的崔光平家雪上加霜。打算向臺灣的哥哥求援。馬學智了解到這一情況后積極協調資金，在春節前將5000元現金送到了崔光平家里，崔光平一家感動得熱淚盈眶，給贈送了一面錦旗。

縣新民農機制造廠原先只是三臺鎮的一個小手工作坊，馬學智考慮小型農機具適合新疆農牧區的生產力水平，發展前途大，鼓勵廠長王新民不能滿足于小打小鬧，要開發新產品，擴大生產規模，他推薦王新民當了縣政協委員、縣工商聯副會長。在馬學智的鼓勵和支持下，2001年，王新民把制造廠搬到了縣城。

后來，王新民發明了土豆施肥點播機、土豆收獲機等11項專利，研制的小型農機具遠銷天山南北，年產值達到了500多萬元。王新民在接受記者采訪時說：“沒有馬部長幫助，就沒有我王新民和新民農機制造廠的今天?！?今年元月份，六戶地村老阿訇丁學義的老伴身患腦瘤，馬學智上門看望時，得知丁阿訇給老伴看病已花去7萬多元，經濟上已很困難，馬學智聯系讓住進了縣醫院，他又給想辦法籌集資金4000元，借款2000元，讓病人住院治療，丁阿訇感動地流下了眼淚。三臺喇嘛廟是昌吉州唯一的藏傳佛教寺廟，每年登門看望喇嘛已成了馬學智的習慣。

1997年冬天在看望喇嘛途中，因山路崎嶇雪滑難行，212吉普車失控他受了傷，但這并沒有動搖他每年看望喇嘛的決心，2002年10月，一位年近九旬德高望重的老喇嘛病危。聽到消息后，馬學智立即驅車到偏僻山區看望。看到部長來了，臨終的老喇嘛在床上一句話也說不出，比劃著讓兒子拿來一條潔白的哈達，用顫抖的雙手將哈達獻給了令他尊敬的縣委統戰部部長。

事隔多年，馬學智一回憶起這段往事，還會禁不住流淚。他告訴記者：“真心換真情，這些愛國宗教人士，你把他們當朋友，他們就會把你當親人；你付出得多，得到的感動就多。近年來，每年“七一”建黨節,少數民族過年他都要帶領政協機關和統戰部的黨員干部到民族村過組織生活和慰問貧困戶，通過座談了解，他幫助蘆草嘴子、哈家灣、東臺子等民族村辦了許多實事、好事。2008年爭取項目資金，為烏孜別克族聚居的東臺子村修了公路、文化室，還改造12戶村民危房，2009年他又積極爭取項目資金準備為這個村鋪瀝青路面，修養殖小區，發展畜牧養殖業生產，受到了當地群眾的一致稱贊。工作中也發生過值得總結的經驗和教訓。大有鄉廣泉回族清真寺有信教群眾近千人。