疑問三
參測曹姓人的家譜是否靠譜？
課題組專家對全國各地258個曹姓家譜做了全面的梳理研究，并與史書和地方志參照，試圖找到曹氏遷徙的可能線索，經過這一步驟的研究，課題組篩選出8支持有家譜。經過史料分析具有一定可信性的曹氏族群，對他們的DNA進行檢測。經過復雜的Y染色體DNA全序列檢測，最終發現其中6個家族屬于O2*-M268的基因類型，這6支O2*-M268的基因類型樣本的祖先交匯點在1800年至2000年前，這正是曹操生活的年代。
“這也太不科學了，反推的方法理論上只能證明這6個曹姓家族來自同一群體。”有網友如此質疑：如何證明這些群體的先人就是曹操？還有網友稱，家族在漫長的時期里可能會有抱養、入贅等各種情況，如何保證家譜的可靠性？
李輝教授告訴北青報記者，從現代曹姓后人反推出共同的基因類型后，還有曹操爺爺輩的古DNA來進一步驗證——從安徽亳州曹操宗族墓“元寶坑一號墓”中發掘出的兩顆牙齒的DNA與反推的現代曹姓后人的基因吻合。
這些后人有沒有可能是曹操叔祖父那一支的后人呢？
“只能說想象力太豐富了，有可能，”李輝教授反問，“曹操叔祖父的后人在家譜上都稱是曹操的后代，這種情況又怎么解釋呢？”李輝曾表示，這幾個家庭假冒的巧合概率是千萬分之三，因此從法醫學上可以認定他們是曹操后代。
疑問四
古DNA的樣本會不會受到污染？
有消息稱，基因也會受到污染，“元寶坑一號墓”中的兩顆牙齒做DNA比照是否可靠？
課題組成員之一的王傳超稱，能進入曹氏宗族墓的都是曹操家族有身份有地位的近親，墓坑主人為曹操叔祖父的消息已經得到考古和歷史學界確認。課題組拿到了一顆牙齒，鑿洞取骨粉進行DNA檢測，牙齒外面的牙釉層可以保護牙齒，里面的DNA質量還是可以的，牙齒作為樣本在古DNA研究中是很有說服力的。
李輝此前曾稱，檢測選取的Y染色體從父遺傳且突變率極低，祖先的突變信息會在后代基因中保留下來，所以可通過古DNA做鑒定。
疑問一
研究曹操DNA花了多少錢？
回應：課題組專家李輝告訴北青報記者，對曹操家族DNA研究并沒有立項，花費也不太大。
