上訴人薄熙來提出以下上訴理由：

1、其供認犯罪的自書材料和親筆供詞系在辦案人員的壓力下形成，應作為非法證據予以排除，不應作為證據采信。

2、薄谷開來系本案關鍵證人，但作證能力存疑，又未到庭接受質證，薄谷開來的證言不應采信作為定案根據。

3、其為大連國際公司、實德集團提供支持和幫助，均是正常履行職責、公事公辦，不屬于受賄罪中的謀利事項。

4、其未收受唐肖林錢款，一審法院認定其收受唐肖林錢款的證據只有唐肖林的證言，系孤證，且唐肖林關于在其沈陽家中送5萬美元時薄瓜瓜在家的證言與薄瓜瓜當時在英國讀書的事實不符，該證言內容虛假。

5、其同意將大連駐深辦劃歸大連國際公司系因大連駐深辦經費困難無法維持，并非受唐肖林請托；唐肖林證明送給其8萬美元與“大連大廈”的建設直接相關，但一審判決并未認定其批示請于幼軍支持“大連大廈”建設一事為謀利事項，該8萬美元不應認定為受賄犯罪。

6、其未實施幫助實德集團列入商務部成品油非國營貿易經營企業名單的具體行為，該事項不應認定為其為實德集團謀利事項。

7、薄谷開來關于曾向其告知接受徐明出資購買法國別墅、接受徐明為薄谷開來、薄瓜瓜支付相關費用的證言虛假，其對上述情況均不知情。

8、其主觀上沒有貪污的故意，客觀上也沒有同意王正剛將公款給其補貼家用的提議，其對于相關款項最終進入與薄谷開來有關的律師事務所亦不知情，王正剛關于曾向其請示涉案工程款處置的證言與薄谷開來的證言不能相互印證，且所證見面時間與其秘書車輝關于其活動情況的記載矛盾，王正剛所作證言內容虛假，一審判決認定其犯貪污罪與事實不符。

9、其在涉案工程款撥付時已調任遼寧省省長，不再兼任大連市的職務，且其亦非相關工程的負責人，沒有貪污涉案工程款的職務便利。

10、其沒有嚴禁復查“11 15”案件的意圖和行為，其打王立軍耳光、調整王立軍職務并非意圖掩蓋“11 15”案件，要求調查王智、王鵬飛系為了解事情真相，未要求對王鵬飛進行刑事立案偵查，取消王鵬飛渝北區副區長職務提名并無不當；其未縱容薄谷開來參與研究王立軍叛逃應對措施，王立軍患精神疾病的診斷證明亦非虛假，出具王立軍患精神疾病的診斷證明及發布王立軍接受“休假式治療”的微博不是濫用職權；其行為不是導致“11 15”案件不能依法及時查處和王立軍叛逃的重要原因。

11、一審判決認定其濫用職權情節特別嚴重系因王立軍叛逃，但量刑卻重于王立軍犯叛逃罪所判處的刑罰，主次顛倒。